A Igreja Presbiteriana Independente de São José do Rio Pardo/SP, realiza o trabalho de encontros semanais dividida em grupos, denominados Grupos de Comunhão e Edificação (GCE).

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É a igreja local vivendo como uma comunidade cristã em comunidades cristãs de base (grupos pequenos) nas quais a vida e a missão da igreja fluem e encontram expressão coletiva nas celebrações e atividades da igreja como corpo. Os diversos ministérios da igreja não dividem os seus membros em atividades segmentadas, mas apoiam as células para que vivam ricamente as experiências de comunhão, de auxílio mútuo, de evangelização e do discipulado.

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Atualmente temos 5 grupos que se reúnem semanalmente.